Spoluscenárista Howard Gordon na scenári k epizóde 'Synchrónia' začal spolupracovať hneď po napísaní scenára k epizóde 'Nepomstení', s ktorým sa dosť natrápil. Chris Carter ho na prácu na tomto scenári pridelil spolu s novým zástupcom vedúceho výroby Davidom Greenwaltom, ktorý už na Aktoch X pracoval pár mesiacov od polovice štvrtej série. Spolu mali prísť na nápad na scenár k novej epizóde seriálu. Stretli sa nad knihami a kávou a Gordon sa priznáva, že hoci medzičasom dobre spoznal svojho kolegu, jediná vec, na ktorú v súvislosti s Aktami X prišli, bolo zistenie, že prísť na dobrý nápad na epizódu Aktov X nie je ľahké. Postupne prišli na nápad o väzňovi, ktorý by utiekol z väzenia tak, že by si vymenil telo s niekým na slobode, ale Howardovi Gordonovi tento nápad príliš pripomínal iné scenáre, na ktorých už pracoval. Zhodou okolností však dostal do rúk vedecký časopis, v ktorom sa objavil zaujímavý článok z marca 1994 o cestovaní v čase na báze kvantovej fyziky. Článok napísali dvaja oxfordskí profesori. Gordon so svojím kolegom celej téme rozumeli natoľko dobre, že konečne v tejto súvislosti začali dostávať zaujímavé nápady.

Gordon si spomenul na príbeh J. Roberta Oppenheimera, ktorý so svojím tímom vynašiel atómovú bombu. Neskôr sa prezidentovi Harrymu Trumanovi sťažoval na zhodenie bomby na Japonsko. Čo keby sa Oppenheimer mohol vrátiť do minulosti, aby tomu zabránil? Čo keby niekto takýmto spôsobom dokázal spoznať budúcnosť? Nebolo by takéto poznanie nočnou morou? Ani Gordon, ani Greenwalt nanešťastie nemali tú možnosť, aby nahliadli do budúcnosti a uvideli svoj hotový scenár, a tak im jeho písanie zabralo týždeň po pätnástich pracovných hodinách denne a do scenára nakoniec významne prispeli aj John Shiban, Frank Spotnitz a Ken Horton. Gordon komplikovaný scenár neustále dopracovával až do nakrúcania, dokonca z neho vyňal aj dve dôležité postavy (jednou bola postava vedca na spôsob Stephena Hawkinga), len aby bol príbeh ucelenejší. Dokonca dva dni pred nakrúcaním uvažoval o tom, že sa vzdá ("Je to veľmi zložitý a spletitý príbeh a trochu sme sa v ňom zamotali, a tak sa z neho teraz snažíme vymotať."). Uzatvára, že nakoniec bola na základe scenára nakrútená dosť dobrá epizóda, ale keď bolo všetko hotové, prisahal, že už nikdy, kým bude žiť, sa k téme cestovania v čase nevráti.

David Duchovny si spomína, že pre túto epizódu po nakrútení pôvodných scén nakrúcali viaceré opravné scény, lebo nikto si nebol istý tým, či diváci porozumejú tomu, čo sa v epizóde deje. "Vždy napísali krátke scény na jednu stranu, v ktorých sa to niekto pokúsil vysvetliť," uvádza Duchovny.