Producent Howard Gordon epizódu 'Muž z Pentagonu' považuje za druhú časť pilotnej epizódy, v ktorej Chris Carter prichádza s témou vládneho sprisahania týkajúceho sa UFO. "S témou armády využívajúcej mimozemskú technológiu je to všetko ešte oveľa zaujímavejšie," vraví Gordon. "Celý prípad Roswell a Ellensova vojenská letecká základňa sú základnými článkami celej mytológie lietajúcich tanierov, takže ich Chris vybral veľmi vhodne a šikovne. A potom tá myšlienka, že vláda môže ovládať myseľ človeka... ľudia naozaj oceňujú, že Mulderovi ide o všetko, keď sa snaží vypátrať pravdu, a to, že sa mu nakoniec prihodí to isté, čo sa prihodilo zmiznutým pilotom."

Hoci myšlienka využitia mimozemskej technológie pre vylepšenie vlastných lietadiel americkej armády pôsobí veľmi originálne, scenárista Chris Carter to vidí inak. "Verte mi," vraví a smeje sa, "keď si prečítate zopár materiálov na túto tému, zistíte, že čokoľvek by ste vymysleli, už o tom aj tak písal niekto pred vami." A skutočne, zápletka tejto epizódy bola inšpirovaná literatúrou o UFO, v ktorej sa objavuje myšlienka o existencii Oblasti 51 v Nevade, v ktorej vraj americké armádne letectvo ukrýva mimozemskú technológiu zachránenú napríklad z miesta údajnej havárie mimozemského plavidla v Roswelli v Novom Mexiku v roku 1947. No a myšlienka, že armádne letectvo túto technológiu využilo na vytvorenie nového experimentálneho lietadla, bola inšpirovaná údajným projektom pod názvom Aurora.

Ďalšou významnou súčasťou tejto epizódy je postava Mulderovho tajného informátora pod krycím menom Muž z Pentagonu, s ktorým sa Mulder spoznáva práve v tejto epizóde. "Postava Muža z Pentagonu je založená na predstave neznámeho účastníka aféry Watergate," hovorí Chris Carter, "ktorý mohol, ale tiež vôbec nemusel, existovať. Videlo sa mi, že potrebujeme kontakt. Niekoho, kto by pôsobil v záhadnej, tieňovej vláde, niekoho, kto pracuje na takej vládnej úrovni, akú si ani nedokážeme predstaviť, niekoho, kto prichádza za Mulderom a Scullyovou a opatrne a účelovo ich vedie bez toho, aby im toho povedal až príliš, ale napriek tomu im umožňuje hľadať odpovede. Niekoho, kto by im pomáhal, keď sa dostanú do slepej uličky, alebo keď sa vydajú nesprávnym smerom."

Cartera pri vytvorení tejto postavy inšpiroval film Všetci prezidentovi muži (1976), ktorého zápletka sa točila práve okolo aféry Watergate, o odhalenie ktorej sa okrem iných postarali najmä dvaja reportéri denníka Washington Post Bob Woodward a Carl Bernstein. Tajný informátor, ktorý im celú aféru pomohol odhaliť, dostal krycie meno "Deep Throat". Rovnaké meno v angličtine má aj postava tajného informátora v Aktoch X, hoci u nás je známy ako Muž z Pentagonu. Túto postavu si zahral herec Jerry Hardin, ktorý Chrisa Cartera zaujal svojou hereckou prácou vo filme Firma (1993), v ktorom hral skorumpovaného právnika. Carter ho nakoniec vyhľadal a ponúkol mu úlohu Muža z Pentagonu. "Jerry Hardin bol ľahkou voľbou. A nakoniec sa ukázal byť veľmi dobrou voľbou, lebo tú úlohu hral rád a bol v nej veľmi, veľmi dobrý."

Scenáristu Chrisa Cartera potešilo, že túto epizódu režíroval Daniel Sackheim. "Bolo to prirodzené a zabralo to," konštatuje. "Mali sme úplne rovnaký názor na to, o čom majú Akty X byť. Takže som napísal túto epizódu a on ju považoval za skvelú a réžiu za úžasnú prácu. V tejto epizóde sme si tiež vybudovali zázemie pre ďalšie epizódy seriálu. Predovšetkým sme v nej uviedli na scénu postavu Muža z Pentagonu a tiež myšlienku, že vláda vie omnoho viac, než sme v úvodnej epizóde predpokladali, a že svoje tajné informácie bude brániť za akúkoľvek cenu."

"Museli sme zostaviť nový štáb a 'Muž z Pentagonu' bol tým bodom zlomu, kedy si každý z členov štábu musel uvedomiť, akú kvalitu vytvárame a požadujeme," uvádza zástupca vedúceho výroby R. W. Goodwin, ktorý dohliada na fyzickú realizáciu seriálu. "Tí ľudia predtým pracovali na niekoľkých seriáloch, kde na nich neboli kladené takéto požiadavky a nároky. Museli skrátka dosiahnuť určitý vyšší stupeň kvality a musím povedať, že všetci sa s tým skutočne čestne vyrovnali. Bola to pre nich ale poriadna lekcia. Najviac sa mi vybavuje tá časť epizódy, kedy Mulder stojí vonku na ceste na leteckej základni a preletí ponad ním UFO. Mali sme natočiť asi tri zábery, ako nad ním preletí UFO, a potom niekoľko scén, kedy dvaja mladí ľudia Mulderovi ukazujú, kde je základňa. Nakrúcať sme začali v piatok o desiatej predobedom a skončili sme v sobotu o ôsmej ráno. Bolo to neskutočne zložité. Mali sme tam scénu, kedy tí dvaja vedú Muldera k základni. Pôvodne to bolo napísané tak, že ho mali doviesť na určité miesto a potom mu povedať: 'Tu vás opustíme, ďalej už nepôjdeme. Keď bude tma, prelezte cez plot.' Predpokladali sme, že potom utečú preč. Ako však nakrúcanie pokračovalo, uvedomili sme si, že poobede tú scénu už nakrútiť nestihneme a bolo treba začať nakrúcať nočnú scénu. Takže k tej dennej scéne sme sa museli vrátiť až neskôr, pretože sme ju nestihli nakrútiť skôr ako zapadlo slnko."

"V epizóde 'Muž z Pentagonu' je scéna, v ktorej Mulder vidí niečo, čo sa zdá byť vesmírna loď, ktorá preletí priamo ponad ním a osvieti ho tým svetlom," hovorí režisér tejto epizódy Daniel Sackheim. Scéna, kedy ponad Mulderom preletí UFO, bola nakrútená na skutočnej leteckej základni a bola prvou skutočnou skúškou, ktorá preverila schopnosti štábu Aktov X pri práci so špeciálnymi efektmi v rámci televízneho rozpočtu a harmonogramu. UFO bolo vytvorené najmä pomocou počítača, ale svetlá, ktoré zhora osvietili Muldera, boli vytvorené pomocou osvetľovacieho zariadenia, ktoré bolo podľa slov producenta vizuálnych efektov Mata Becka "v podstate osvetlením z diskotéky zo 70-tych rokov".

Chris Carter si v tejto epizóde pochvaľuje aj príležitosť, keď mohla Scullyová ukázať, ako ďaleko je ochotná zájsť v mene záchrany Mulderovho života potom, ako ho chytili a zajali na leteckej základni. Jej činy tu podľa Cartera ukázali "šľachetnejšiu stránku jej charakteru a spojenie a rešpekt, ktorí tí dvaja pred sebou mali, hoci neverili tomu istému".

Záverečná scéna tejto epizódy, v ktorej sa Mulder opäť stretáva s Mužom z Pentagonu a ten Mulderovi povie, že mimozemšťania tu sú už veľmi, veľmi dlho, podľa slov Chrisa Cartera najlepšie a najefektívnejšie ustanovila celú mytológiu Aktov X. Carter si ale zároveň uvedomuje, že fakt, že zo štyroch prvých epizód Aktov X boli hneď tri o mimozemšťanoch a o UFO, by niektorých divákov mohol viesť k presvedčeniu, že o nich mal byť aj celý seriál. Chris preto upresňuje, že tieto epizódy sa stali skôr základom mytológie, ktorá sa stala chrbticou seriálu, a ostatné epizódy by mali byť žánrovo samostatné. Veľmi dobre to ukazuje epizóda, ktorá nasleduje hneď po tejto epizóde.