Keď sa na konci epizódy 'Výstup' z druhej série seriálu Fox Mulder stretáva so Scullyovej matkou Margaret, aby jej oznámil, že jej nezvestnú dcéru sa stále nepodarilo nájsť, Mulder matke svojej nezvestnej kolegyne odovzdá krížik, ktorý Scullyová na retiazke nosila okolo krku. Mulder to urobí s otázkou, na ktorú nepozná jednoznačnú odpoveď: prečo Scullyová na krku nosila krížik symbolizujúci jej kresťanskú vieru, keď pri svojej práci na Aktoch X skepticky odmietala akceptovať teórie nepodložené prevahou dôkazov? Hoci odpoveď na túto otázku preňho zostáva otvorená, sám ju začína nachádzať už v nasledujúcej epizóde, keď Scullyovej krížik začne nosiť na krku v čase, keď je Scullyová nezvestná a cesty k jej nájdeniu sa zdajú byť uzatvorené. A je to práve jej krížik, ktorý Scullyovej odovzdá potom, ako sa s ňou opäť uvidí.

Téme Scullyovej kresťanskej viery sa neskôr v tretej sérii otvorene a priamo venuje epizóda 'Zjavenia' natoľko efektívne, že z danej epizódy sa stáva jedna z najlepších epizód skúmajúcich Scullyovej charakter počas celého seriálu. V záverečnej scéne danej epizódy vidíme Scullyovú prehodnocovať svoje odlúčenie sa od cirkvi v dobe, keď sa rozhodla vziať svoju budúcnosť do vlastných rúk a proti vôli svojich rodičov sa s lekárskym vzdelaním rozhodla odísť študovať na Akadémiu FBI.

Je to až jej neskorší boj s rakovinou, ktorý ju prinúti opäť sa vyrovnať s otázkou svojej viery. Jej vyliečenie sa z rakoviny a tragická smrť jej dcéry, ktorú poznala len pár dní, vedú Scullyovú k prehodnoteniu vlastných životných priorít. Práve jej návrat k cirkvi je jednou z ústredných tém epizódy 'Všetky duše'.

Autormi príbehu tejto epizódy sa stali Billy Brown a Dan Angel, ktorí v Aktoch X pomáhali pri príprave príbehov jednotlivých epizód. Vymysleli príbeh o Mulderovi a Scullyovej a anjeloch. Príbeh však nefungoval spôsobom, aký bol pôvodne zamýšľaný. John Shiban a Frank Spotnitz ho mali za úlohu prepísať. To oni sa rozhodli, že v epizóde zohrá úlohu Scullyovej dcéra Emily, ktorá umrela v epizóde 'Emily'. Shiban a Spotnitz zamerali celý príbeh na Scullyovú a jej vzťah s jej mŕtvou dcérou.

Keď scenáristi uvideli počiatočný zostrih tejto epizódy, rozhodli sa, že niektoré aspekty Scullyovej púte neboli evidentné. Aby to napravili, John Shiban a Frank Spotnitz napísali novú scénu, v ktorej Scullyová prichádza na spoveď do kostola. Jej rozhovor s kňazom počas spovede potom zostrihali tak, aby jeho časti včlenili do samotnej epizódy. Keďže scéna bola napísaná na siedmich stranách scenára, v zostrihanej epizóde pre ňu museli nájsť miesto ďalším strihaním scénu za scénou a vetu za vetou.

Po skončení hlavného nakrúcania epizódy bolo Gillian Andersonovej oznámené, že pre epizódu treba nakrútiť novú scénu, v ktorej Scullyová prichádza na spoveď do kostola. Andersonovej teda oznámili, kedy sa daná scéna bude nakrúcať, a dostala 21 strán scenára. O desiatej večer pred dňom nakrúcania dostala upravený scenár, ktorý bol teraz dlhý 51 strán, a bolo jej povedané, že nová scéna sa bude nakrúcať nasledujúce ráno. Hoci to nikdy predtým neurobila, Gillian zavolala vedeniu a oznámila, že do nasledujúceho dňa sa v takejto situácii pripraviť nedokáže. Bolo jej vyhovené a nakrúcanie bolo presunuté až na ďalší deň.